شاهرودی برای ادامه درمان به شهر هانوفر آلمان می رود که به دلیل باز شدن پرونده جنایت علیه بشریت توسط یکی از سیاستمداران آلمانی، و کمپین هایی که ایرانیان خارج از کشور و نیروهای سیاسی مخالف نظام خارج از کشور علیه او به راه انداختند، مجبور شد درمان را نیمه رها کند و از در عقب بیمارستان بگریزد
شاهرودی در مرجع سازی خامنه ای نقش پر رنگی را ایفا کرد و همین امر باعث رشد او در هرم قدرت شد تا بدانجا که زمزمه هایی برای جانشینی او بعد از خامنه ای شنیده می شد.
او در سال ۱۳۷۳ به عضویت فقهای شورای نگهبان درآمد و در سال ۱۳۷۸ به ریاست قوه قضاییه رسید . او پس از رسیدن به ریاست قوه قضاییه در اظهار نظری جنجالی گفت که او یک «ویرانه قضایی» را تحویل گرفته و مدعی اصلاحات شد.
از سوابق آیت الله سید محمد هاشمی شاهرودی می توان به این موارد اشاره کرد:
تایید ۲۳۶۹ حکم اعدام
اجرای دست‌کم یک حکم سنگسار
اعدام ۷۸ زندانی عقیدتی و سیاسی
اجرای احکام قطع دست، پا و انگشتان
تعطیلی فله ای روزنامه های اصلاح طلب
پرونده معروف به براندازان
برخورد با ملی مذهبی ها
برخورد با روزنامه نگاران
برخورد با فعالان زنان
فعالان سندیکای رانندگان شرکت واحد
دادگاه های فرمایشی حوادث کوی دانشگاه
قتل های زنجیره ای
برگزاری دادگاه های فرمایشی برای روحانیون منتقد
و اعدام دست‌کم ۳۰ نوجوان زیر ۱۸ سال
در زمان ریاست شاهرودی قتل هایی در زندان زیر نظر قوه قضاییه رخ داد:
– اکبر محمدی، یکی از فعالان دانشجویی بود که از سال ۱۳۷۸ و در پی اعتراضات دانشجویی تیرماه ۱۳۷۸ تهران دستگیر، شکنجه و زندانی شد. او در ۸ مرداد ۱۳۸۵ پس از چند روز اعتصاب غذای خشک در زندان اوین به صورت مشکوکی درگذشت.
– امیرحسین حشمت ساران دبیرکل «جبهه اتحاد ملی ایران» بود. او در سال ۱۳۸۲ به اتهام تشکیل این حزب دستگیر و به هشت سال حبس محکوم شد، حشمت ساران در دوران حبس مجدداً محاکمه و به هشت سال حبس دیگر محکوم شد.
او به دلیل شدت ضربات وارده در بازداشت به سر و تزریق داروهای مشکوک، پس از ۴۸ ساعت کما، در ۱۶ اسفند ۱۳۸۷ در بیمارستان رجایی کرج درگذشت
– زهرا کاظمی، خبرنگار کانادایی – ایرانی‌تبار که در مسافرتی به قصد تهیه گزارش در ایران، هنگام ناآرامی‌ها و اعتراضات دانشجویی، به جرم عکس‌برداری حین تجمع برخی از خانواده های زندانیان در مقابل زندان اوین، بازداشت و در ۲۰ تیر ۱۳۸۲ در زندان درگذشت. او به اصرار سعید مرتضوی دادستان وقت تهران بازداشت شد.
-کاوه عزیزپور، یک زندانی سیاسی کرد در ایران بود که ۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۷ در سن ۲۵ سالگی در زندان مهاباد درگذشت. او دو سال قبل به اتهام عضویت در یکی از احزاب کرد مخالف جمهوری اسلامی ایران محاکمه و به ۳ سال حبس محکوم شد. به گفته خانواده اش، او تحت شکنجه در زندان دچار ضربه مغزی شده و به کما رفته و تحت عمل جراحی قرار گرفته بود، اما اندکی بعد به زندان منتقل و در حین بازجویی توسط عوامل اطلاعاتی درگذشت.
امیدرضا میرصیافی، فعال فرهنگی و وبلاگ‌نویس ایرانی بود که توسط دادگاه انقلاب ایران به اتهام توهین به روح‌الله خمینی و علی خامنه ای به دو سال حبس محکوم شد. او در ۲۸ اسفند ۱۳۸۷ (در سن ۲۸ سالگی) در زندان اوین درگذشت. سازمان گزارشگران بدون مرز یک هفته پس از درگذشت او با انتشار بیانیه ای اعلام کرد گزارش‌هایی حاکی از قتل وی در زندان به دست آمده است. به گفته گزارشگران بدون مرز همچنین مقامات زندان درخواست کالبد شکافی را که از سوی وکیل او مطرح شده بود رد کرده و جسدش را بلافاصله دفن کردند.
شاهرودی به ولایت مطلقه فقیه معتقد بود و به نقش نظارتی مجلس خبرگان رهبری باوری نداشت.
آیت الله هاشمی شاهرودی همچنین بر دردناک بودن و ترسناک بودن مجازات های اسلامی تاکید می‌کرد و با استفاده از بیهوشی و بی‌حس کردن موقع قطع عضو مخالف بود و همواره تاکید می کرد “باید شاهد درد کشیدن مجرم باشیم.”
