رئیسی یکی از افراد موثر در «هیات مرگ» بود که در سال ۱۳۶۷ دستور فراقضایی کشتار هزاران زندانی را داد
کمپین حقوق بشر در ایران این که حتی نام ابراهیم رئیسی به عنوان گزینه‌ای برای ریاست قوه قضائیه مطرح می‌شود را فاجعه‌ای برای حاکمیت قانون و اجرای عدالت در ایران می‌داند.
هادی قائمی مدیر کمپین حقوق بشر در ایران گفت: «رئیسی باید مورد پیگرد قانونی قرار بگیرد، نه اینکه به عنوان رئیس قوه قضائیه کشور انتخاب شود.»
وی اضافه کرد: «اگر رئیسی به عنوان رئیس قوه قضائیه انتخاب شود، یک پیام روشن را به مردم خواهد رساند: حاکمیت قانون در ایران معنایی ندارد و آنهایی که در قتل‌عام ۱۳۶۷ دست داشتند، به جای اینکه تحت تعقیب قرار بگیرند، از حکومت پاداش دریافت می‌کنند.»
در صورت انتصاب رئیسی به عنوان رئیس قوه قضائیه، با توجه به تاریخچه سیاسی و نقش او در اعدام‌های دسته‌جمعی ۱۳۶۷ در جهت به سکوت واداشتن مخالفین سیاسی، این قوه بیش از پیش تضعیف خواهد شد چرا که کسی که در یکی از وسیع‌ترین اقدامات نقض حقوق شهروندان و در جریان اعدام هزاران تن دارای نقش بارز بوده، سکان این قوه را به دست می‌گیرد. چنین انتصابی مشکلات فراوانی تولید خواهد کرد. با توجه به قدرتی که ریاست قوه قضائیه در اختیار رئیسی می‌گذارد، وی دیگر پاسخگوی هیچ مقامی جز رهبر کشور آیت‌الله علی خامنه‌ای نخواهد بود. او قادر خواهد بود تا وکلا را به اختیار خود برگزیده یا عذر آنها را بخواهد و همچنین وکلای مدافع پرونده های امنیت ملی (عنوانی که در ایران برای تعقیب قضایی منتقدان حکومت به‌کار می‌رود) را انتخاب و در قوانین قضایی تجدیدنظر کند. او همچنین خواهد توانست درخواست بازنگری در رای نهایی دعاوی مختلفی که آنها را خلاف نظر خود می‌داند، صادر کند.
هادی قائمی گفت: «مخالفت صلح‌آمیز در ایران به زندان ختم می‌شود، اما قتل‌عام فراقضایی مورد تایید دولت قرار می‌گیرد. در صورت چنین انتصابی جامعه ی بین‌المللی باید اعتراض خود را انعکاس دهد و روشن کند که رئیسی در دیگر پایتخت های بین‌المللی پذیرفته نیست.»
بسیاری از زندانیان توسط کمیته‌های تفتیش عقاید در نقاط مختلف کشور مورد هدف این هیات قرار گرفتند. بسیاری از قربانیان اعضای گروه مخالف مجاهدین خلق و همچنین طیف‌های مختلفی از گروه‌های چپ، کمونیست و مارکسیست بودند. شمار تخمینی زندانیانی که در زندان‌های سراسر کشور کشته شده و در قبرستان‌های مختلف دفن شدند به ۴۰۰۰ تا ۵۰۰۰ نفر می‌رسد، هر چند آمار حقیقی می‌تواند بسیار بالاتر باشد. این افراد حکم زندان داشتند و در حال سپری کردن آن بودند.
جمهوری اسلامی همواره وقوع این اعدام‌های دسته‌جمعی را تکذیب کرده و هیچ کدام از مقامات رسمی که در این اعدام‌ها دست داشته اند مورد تعقیب قضایی قرار نگرفته‌اند. با وجود معافیت از مجازاتی که مرتکبین این جرایم و دیگر متخلفان حقوق بشر در ایران از آن سود می‌برند، عاملان قتل‌‌عام‌های ۱۳۶۷ نه تنها همچنان از آزادی کامل برخوردارند، بلکه با انتصاب به مقام‌های مهم کشوری توسط جمهوری اسلامی نیز قدردانی شده‌اند.
رئیسی بعد از فعالیت در «هیات مرگ» تحت عنوان معاون وقت دادستان تهران، از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۳ به سمت دادستان کل تهران منصوب شد. وی همچنین از سال ۱۳۸۳ تا ۱۳۹۴ معاون اول قوه قضائیه و از سال ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ دادستان کل کشور بود. او در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۶ نامزد اصلی اصولگرایان بود.
از معدود اشخاص مهمی که تلاش کرد مردم را نسبت به جرایم ۱۳۶۷ آگاه کند، احمد منتظری بود که در نتیجه اظهارات خود در این زمینه خود محکوم به زندان شد. در مرداد ۱۳۹۵، احمد منتظری با انتشار یک فایل صوتی ۴۰ دقیقه ای از پدرش که به مدت چهار سال سمت قائم مقام رهبری را به عهده داشت، از اعتراض آیت‌الله حسینعلی منتظری به اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ پرده برداشت.
در این فایل صوتی، صدای آیت‌الله منتظری شنیده می‌شود که به تندی از اعضای «هیات مرگ» انتقاد می‌کند. اعضای حاضر در جلسه شامل ابراهیم رئیسی معاون وقت دادستان، حسینعلی نیری حاکم شرع وقت، مرتضی اشراقی دادستان وقت، و مصطفی پورمحمدی نماینده وقت وزارت اطلاعات در زندان اوین می‌شود. منتظری نگرانی خود را از اعدام‌ها بیان کرد و گفت: «بزرگترین جنایتی که در جمهوری اسلامی شده و تاریخ ما را محکوم می کند به دست شما انجام شده و [نام] شما را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می‌نویسند.»
در پی انتشار این فایل صوتی، احمد منتظری به اتهام اقدام علیه امنیت ملی و انتشار اسناد سری به ۲۱ سال حبس تعزیری محکوم و سپس حکم وی به ۶ سال تعلیق شد. در گزارشی از کشتارهای ۱۳۶۷ که در خرداد ۱۳۹۷منتشر شد، رئیسی حضور خود را در این جلسه با حسینعلی منتظری انکار نکرد.
پرونده اعدام دسته‌جمعی زندانیان عقیدتی-سیاسی در تابستان ۱۳۶۷بسته نشده و این امر مربوط به گذشته ای دور نیست. بنا بر گزارش عفو بین‌الملل، چنین جرایمی در ایران همچنان ادامه دارند. اجازه عزاداری از خانواده های هزاران تن از مقتولین سلب شده است و در صورت پیگیری از وضع مقتولین یا پرس‌و‌جو از محل قبرها، آنها مورد آزار و تهدید دولت قرار می‌گیرند.
در این گزارش، عفو بین‌الملل از سازمان ملل تقاضا می‌کند تا «راهکارهایی مستقل، منصفانه و موثر برای بررسی و رسیدگی به اعدام‌های ۱۳۶۷ و اقدامات مداوم دولت برای پنهان کردن این وقایع و آزار خانواده های قربانیان بکار گیرد.» با این حال، با وجود انتصاب یکی از مرتکبین به عنوان رئیس قوه ی قضائیه، احتمال همکاری ایران در این پیگیری‌ها وجود ندارد. رئیسی و دیگر کسانی که عامل اعدام‌های دسته جمعی تابستان ۱۳۶۷ بودند قطعا با این اتفاق مورد حمایت بیشتری قرار می‌گیرند.
زمان این انتصاب نیز قابل توجه است. در حال حاضر حقوق بشر در ایران شاهد بحران بزرگی است: در سال اخیر، شمار زیادی از وکلا، کارگران، فعالان حقوق بشر و دانشجویان به خاطر مخالفت سیاسی صلح آمیز خود به زندان محکوم شده اند. انتصاب رئیسی نه تنها مصونیت از مجازات را برای مرتکبین جنایات ۱۳۶۷ پررنگ‌تر خواهد کرد، بلکه به تندروها و ناقضان حقوق بشر فضای عمل بیشتری خواهد داد.
هادی قائمی گفت: «با توجه به شدت این جنایات که رئیسی یکی از اعضای کلیدی در وقوع آنها بوده، انتصاب وی مصیبت بزرگی برای اجرای عدالت در ایران خواهد بود.»
*«هیات مرگ» بعد از جنگ ایران و عراق (۱۳۵۹-۱۳۶۳) و به دستور رهبر وقت ایران آیت‌الله روح‌الله خمینی و با هدف سرکوبی مخالفان حکومت تشکیل شد.
